Otogar Cami, İstanbul'un Anadolu Yakası'nda, Üsküdar ilçesine bağlı Selimiye Mahallesi sınırları içinde yer almaktadır. Cami, İstanbul'un şehirlerarası ulaşımında önemli noktalardan biri olan Harem Otogarı yerleşkesinin iç kısmında konumlanmıştır. Çevresinde otobüs peronları, bilet satış yazıhaneleri, bekleme alanları ve Harem İskelesi bulunmaktadır. Sahil yoluna ve Harem Vapur İskelesi'ne yürüme mesafesinde olan yapı, doğrudan otogar kompleksinin getirdiği hareketli yaya trafiğinin ortasında yer alır. Yapı, tarihi bir cami olmayıp Harem Otogarı'nın faaliyete geçmesinin ardından yolcuların, otobüs çalışanlarının, şoförlerin ve bölgedeki esnafın ibadet ihtiyaçlarını karşılamak üzere inşa edilmiştir. Modern dönem betonarme yapı özellikleri gösteren cami, kompakt bir plana sahiptir. Genellikle kırma çatılı ve mütevazı ebatlarda inşa edilen yapının tek şerefeli küçük bir minaresi bulunur. İç mekânı sade bir düzenlemeye sahip olup süsleme unsurlarından ziyade pratik kullanım ve işlevsellik ön planda tutulmuştur. Günümüzde aktif olarak ibadete açık olan Otogar Cami, beş vakit namazın yanı sıra özellikle cuma namazlarında yoğun bir cemaate ev sahipliği yapmaktadır. Otogarı kullanan yolcuların seyahat öncesi veya sonrası ibadetlerini gerçekleştirebilmeleri için pratik bir erişim sağlamaktadır. Cami, Tarihi Yarımada'ya bakan kıyı şeridine ve Selimiye Kışlası ile Selimiye Camii gibi Üsküdar'ın önemli tarihi yapılarına da yakın bir güzergâhta konumlanmıştır.