Sekibaşı Camii, Muğla'nın merkez ilçesi Menteşe sınırlarında, Muslihittin Mahallesi'nde yer almaktadır. Şehrin geleneksel mahalle dokusu içerisinde, adını paylaştığı Sekibaşı Caddesi ve Enver Kermen Sokak kesişiminde konumlanır. Osmanlı döneminin sivil mimari örnekleriyle çevrili olan yapı, Muğla'nın tarihi kent merkezindeki yerel ibadethane dokusunun karakteristik bir parçasıdır. Çevresinde kentin diğer tarihi camileri, tescilli konutları ve kentsel sit alanına dahil sokaklar bulunmaktadır. Caminin ilk inşa tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte 19. yüzyılın başlarında, 1800’lü yıllarda yapıldığı kabul edilmektedir. İlk yaptıran kişiye dair yazılı bir bilgi bulunmayan yapı, 1872 yılında Kabasakal Mehmet Ağa tarafından kapsamlı bir tadilattan geçirilmiştir. Bu onarım sırasında yapıya ahşap bir minare eklenmiş olup minare üzerinde bu müdahaleyi belgeleyen bir kitabe yer almaktadır. Muğla'nın geleneksel taş ve ahşap işçiliğini yansıtan yapı, sade plan şeması ve ahşap karkas detaylarıyla dönemin yerel Osmanlı mimarisini yansıtır. En belirgin mimari unsurlarından biri, bölgedeki birçok mahalle camisinde olduğu gibi gövdesi ve tasarımıyla öne çıkan ahşap minaresidir. Sekibaşı Camii günümüzde aktif bir ibadethane olarak hizmet vermeye devam etmektedir. Tarihi kentsel dokuyu yürüyerek keşfeden ziyaretçiler için şehir merkezindeki Kurşunlu Camii ve Ulu Camii gibi anıtsal yapılara yürüme mesafesinde sakin bir durak niteliğindedir.