Merkezefendi Camii, İstanbul’un Zeytinburnu ilçesine bağlı Merkezefendi Mahallesi’nde, tarihî surların Mevlânakapı çıkışının karşısında yer alan Merkez Efendi Caddesi üzerinde konumlanmaktadır. Yapı topluluğu; cami-tevhidhane, Merkez Efendi Türbesi, çilehane, şadırvan, hazire ve Abdülbâki Paşa Dârülkurrâsı gibi birimlerden meydana gelen tarihî bir tarikat külliyesinin merkezini teşkil eder. Külliyenin çekirdeği, Halvetiyye-Sünbüliyye şeyhi ve hekim Musa Muslihiddin Efendi (Merkez Efendi) tarafından 1514 civarında inziva yeri olarak kurulmuştur. Merkez Efendi'nin vefatının ardından Yavuz Sultan Selim’in kızı Şah Sultan yapıyı genişletmiş; cami, tevhidhane ve hamam Mimar Sinan tarafından inşa edilmiştir. Zaman içinde yıpranan külliye binaları, 1836-1837 yıllarında Sultan II. Mahmud tarafından kapsamlı bir şekilde yeniden inşa ettirilmiştir. Mimari açıdan kareye yakın dikdörtgen plana sahip olan cami, kâgir moloz taş-tuğla örgülü duvarlara ve ahşap kırma çatıya sahiptir. Girişinde kapalı bir son cemaat yeri bulunmakta olup harim kısmı zemin ve tavanı ahşap döşemelidir. Kuzey cephesindeki kapılardan fevkani mahfillere ve kadınlar mahfiline ulaşılır. Yapının sağ köşesine bitişik, tek şerefeli bir minaresi yer alır. Külliyenin avlusunda Merkez Efendi’nin kubbeli türbesi, yer altı çilehanesi ve tarihî su kuyusu gibi unsurlar korunmaktadır. Günümüzde faal bir ibadethane ve ziyaretgâh olarak hizmet veren cami ve çevre birimleri, özellikle kandil ve bayram gibi dinî günlerde yoğun ziyaretçi almaktadır. Merkezefendi Mezarlığı ile çevrili olan yapı; yakın konumdaki Yenikapı Mevlevihanesi, Zeytinburnu Tıbbi Bitkiler Bahçesi ve Panorama 1453 Tarih Müzesi gibi tarihî ve kültürel alanlarla aynı bölgede yer alır. Ulaşım, Topkapı ve Cevizlibağ aksındaki toplu taşıma hatları ile tramvay duraklarından yürüyerek sağlanabilmektedir.