Çoban Mustafa Paşa Camii, Kocaeli'nin Gebze ilçesinde Mustafapaşa Mahallesi sınırları içerisinde yer almaktadır. Cami; medrese, imaret, türbe, kütüphane, kervansaray, tekke ve hamam gibi yapılardan oluşan geniş bir menzil külliyesinin merkez yapısıdır. Osmanlı vezirlerinden Çoban Mustafa Paşa tarafından 16. yüzyılın ilk çeyreğinde, 1523 civarında inşa ettirilmiştir. Külliyenin tasarımı Mimar Sinan öncesi döneme denk gelmekte olup, inşasında Mimar Sinan'ın henüz hassa başmimarı olmadan önce görev aldığı veya dönemin başmimarı Acem Ali'nin sorumluluk üstlendiği yönünde kayıtlar bulunmaktadır. Yapı, kare planlı harim üzerine oturan tek kubbeli bir plana sahiptir. Duvarlarında kesme taş malzeme kullanılmış olup, mihrap ve minberinde kaliteli mermer işçiliği görülmektedir. Caminin iç mekân süslemelerinde ve duvar kaplamalarında kullanılan renkli mermerler, Çoban Mustafa Paşa’nın Mısır valiliği döneminde Mısır’dan getirttiği malzemelerle yapılmıştır. Bu özellik camiyi klasik Osmanlı cami süslemelerinden ayıran Memlûk üslubu etkilerini yansıtır. Giriş cephesinde yer alan son cemaat yeri beş kubbe ile örtülüdür ve yapının tek şerefeli bir minaresi bulunmaktadır. Günümüzde ibadete açık olan Çoban Mustafa Paşa Camii, Gebze'nin tarihi merkezinde en önemli Osmanlı dönemi kültür mirası olarak varlığını sürdürmektedir. Külliye bünyesindeki türbede bizzat banisi Çoban Mustafa Paşa medfundur. Külliyenin diğer bölümleri ise zaman içinde restore edilmiş ve kütüphane gibi sosyal ya da kültürel işlevlerle hizmete açılmıştır. İlçe merkezindeki çarşı bölgesine yürüme mesafesinde bulunan yapı, Gebze Tarihi Kent Meydanı ve çevresindeki ticaret alanlarına oldukça yakındır.